Szkoła rozpoczęła pracę w trudnych warunkach lokalowych, nie miała własnego budynku dostosowanego do potrzeb placówki oświatowej. Organ prowadzący – Społeczne Towarzystwo Oświatowe (od marca 1994 r. Białostockie Towarzystwo Oświatowe) wydzierżawiło sale w trzech budynkach przy ulicy Gajowej. Naukę w szkole rozpoczęło 57 uczniów. Utworzono trzy klasy nauczania początkowego oraz zerówkę. W klasie 0 i I uczyło się po 16 osób , w klasie II -13 i III – 12. Pierwszym dyrektorem Społecznej Szkoły Podstawowej nr 3 został pan Piotr Górski. Kadra Pedagogiczna składała się oprócz dyrektora z czterech osób: pani Grażyny Perkowskiej wychowawczyni klasy I, pani Bożeny Szubzdy (obecnie Niechody) wychowawczyni klasy II, pani Małgorzaty Głoskowskiej wychowawczyni klasy III oraz pani Alicji Kaczyńskiej, która opiekowała się zerówką. 

Nauczyciele nawiązali współpracę z metodykami i wykładowcami Filii Uniwersytetu Warszawskiego w Białymstoku. Wykorzystali aktualną wiedzę pedagogiczną i zorganizowali naukę w systemie blokowym. Odróżnili w ten nowoczesny sposób działalność społecznej szkoły od innych białostockich szkół. Nowatorska była też organizacja przerw miedzylekcyjnych, których ilość i długość zależała od wychowawców. Ponadto wprowadzono zwiększoną liczbę godzin lekcyjnych. Obowiązkowy od I klasy był język angielski, a dla chętnych zorganizowano zajęcia na basenie miejskim.

W 1993 r. Społeczna Szkoła nr 3 doczekała się własnej siedziby przy ulicy Kalinowej 5. Pierwszy września uczniowie powitali w nowo wyremontowanym budynku należącym wcześniej do Przedszkola Miejskiego. Utworzono dziewięć klasopracowni, salę gimnastyczną, świetlicę, bibliotekę, gabinet pielęgniarki i pedagoga. W celu zapewnienia opieki i bezpieczeństwa dzieciom, Rada Szkoły zdecydowała, iż szkoła miała być (i nadal jest) zamykana podczas trwania zajęć lekcyjnych. Placówka rozszerzyła również w tym czasie, stopień organizacyjny tworząc klasy od I do VI. Liczba uczniów zwiększyła się do 110. Również grono pedagogiczne zasilili nowi nauczyciele.

Rok szkolny 1994/1995 przyniósł uczniom Społecznej Szkoły Podstawowej nr 3 zmiany w organizacji pracy. Rada Pedagogiczna w porozumieniu z Radą Szkoły zadecydowała o wprowadzeniu do ramowego planu nauczania drugiego obcego języka – niemieckiego – w klasach V-VIII w wymiarze dwóch godzin tygodniowo oraz jednej godziny zajęć z informatyki w klasach III-VIII. We wszystkich oddziałach zwiększono liczbę godzin wychowania fizycznego do czterech tygodniowo, w tym jedną godzinę przeznaczono na zajęcia na basenie.

Zadania szkoły zostały określone w statucie opracowanym w 1994 r., (zmodyfikowanym i zatwierdzonym uchwałą Zarządu Białostockiego Towarzystwa Oświatowego na posiedzeniu w dniu 14.01.2000 r.). Znalazł się tam zapis o prowadzeniu edukacji ekologicznej w klasach I-III w ramach przedmiotu środowisko społeczno-przyrodnicze, a w kasach IV-VIII wprowadzono nowy przedmiot – ekologię. Powstała pracownia ekologiczna, w której dzieci mogły wykonywać doświadczenia, hodować zwierzęta i rośliny. Wśród uczniów został rozpisany konkurs na logo szkoły, który wygrała Kamila Skowronek. Szkoła uzyskała miano pierwszej zielonej szkoły w Białymstoku. 21.03.1996 r. po raz pierwszy odbyły się wybory do Samorządu Uczniowskiego. Powołano następujące sekcje, które nazwano ministerstwami.:

Samorząd Uczniowski stał się inicjatorem i wykonawcą wielu pomysłów w szkole, m.in. redagowania i wydawania gazetki szkolnej, otwarcia sklepiku uczniowskiego „MIKRO”. Rozpoczęcie działalności sklepiku poprzedziła ogólnoszkolna akcja reklamowa oraz sondaż dotyczący zapotrzebowania na produkty i samych klientów.